根据最新政策规定，全域土地综合整治项目实施方案的编制责任主体及协作机制如下：

一、核心责任主体

县（市、区）人民政府是全域土地综合整治实施方案的编制责任主体，负责统筹协调自然资源、发展改革、农业农村等部门共同编制方案。

具体职责包括：

组织编制：牵头整合多部门资源，明确整治目标、任务、空间布局及实施时序；方案初审：组织专家论证、村民意见征询，确保方案科学性和可操作性；备案申报：将实施方案逐级报省级自然资源主管部门批准。

二、协同参与部门

自然资源部门：提供国土空间规划、“三区三线”成果等技术支撑，审核用地调整方案；

发展改革部门：参与项目合规性审查，统筹资金保障；

农业农村部门：指导宅基地整理、集体经营性建设用地入市等专项工作；乡镇政府：配合开展实地调查、权属协调及村民动员工作。

三、编制流程与要求

基础调查：以最新国土变更调查成果为底图，分析土地权属、人口结构、资源禀赋等现状；

村民参与：需取得村民支持及村集体同意，保障群众知情权和监督权；

衔接规划：与国土空间规划、村庄规划、生态保护红线等相协调，确保“三区三线”总体稳定；

方案内容：明确整治范围（以乡镇为主单元）、子项目清单（农用地整理、生态修复等）、资金测算及实施时序。

四、特殊情形处理

跨乡镇整治：允许条件成熟地区探索跨乡镇实施，但需省级主管部门统筹审批；

规划调整：涉及“三区三线”局部优化的，需与国土空间规划衔接一致，并纳入全国规划“一张图”系统。

五、监管与验收

过程监管：市级自然资源部门负责方案初审和过程监督，省级部门组织竞争性评审；

验收标准：子项目由归口部门验收，整体验收需经省级初验和国家级核查。

总结：实施方案编制以县级政府为核心，通过多部门协同和公众参与确保科学性与落地性，最终实现耕地保护、生态修复与乡村振兴的有机统一。